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Curr Biol | 北京大学焦雨铃组和合作者通过学科交叉研究揭示植物原基早期形态建立机制
形态建成（morphogenesis）是发育生物学研究的核心问题之一。植物器官的最终形态在很大程度上受其早期原基形态的影响。因此，理解原基形态的发育机制对理解植物器官的形态建成至关重要。然而，虽然多年来的研究已经发现了诸多调控原基发育的因子，但这些因子影响的具体生物过程以及最终决定原基形态的机制仍不甚明了。
2022-10-24
Communications Biology | 上海交大吕晖课题组开发出基因组二代测序数据质控新方法
近日，国际知名期刊《Communications Biology》在线发表了上海交大吕晖教授课题组题为“FVC as an adaptive and accurate method for filtering variants from popular NGS analysis pipelines”的最新研究成果。该研究提出了一种新的基因组二代测序数据质量控制方法，有效提升了二代测序检出的基因变异
2022-10-24
Stem Cell Reports | 北京大学医学部向宽辉时艳李彤合作利用干细胞分化技术建立静息态肝星状细胞模拟早期肝纤维化过程的体外模型
2022年10月20日，北京大学基础医学院庄辉/李彤/向宽辉研究组和邓宏魁/时艳研究组合作，在干细胞生物学领域权威期刊Stem Cell Reports上在线发表题为“Generation of functionally competent hepatic stellate cells from human stem cells to model li
2022-10-21
Nature | 北京大学医学部长涛教授团队发现肠道菌群通过降解尼古丁，改善吸烟加重的非酒精性脂肪肝炎
烟草的使用是全球疾病和死亡的最主要可预防性因素。我国直接吸烟人口超过3亿，被动暴露于烟雾环境中的人数更是难以统计。众所周知，吸烟不仅是肺癌重要的致病因素，更与心血管疾病、糖尿病等多种代谢性疾病息息相关。近年来多项流行病学证据显示，长期吸烟与非酒精性脂肪肝炎（NASH）的进程密切相关，但其分子机制和干预策略研究仍为空白。因此，解
2022-10-20
Nature Communications | 清华大学生命学院张强锋课题组开发单细胞测序数据在线整合的人工智能算法
随着单细胞测序技术的发展，单细胞科学研究不断深入，规模越来越大，所研究的对象也越来越复杂。整合来源不同的单细胞测序数据，消除批次效应，进行全面挖掘和解析，是现在单细胞测序数据分析的一个基础和核心环节。目前单细胞测序数据整合面临以下几方面难题：1）不同实验样本、实验平台、建库方法乃至操作等因素带来的批次效应会在单细胞测序数据中引入非生物学噪音，干扰细胞间生物学差异的提取和解析；2）单细胞研究的
2022-10-20
Nucleic Acids Research | 北京大学胡家志课题组与合作者追问在体基因编辑的安全性
近年来，CRISPR-Cas等新一代的基因编辑工具在肿瘤免疫治疗和基因在体治疗等过程中展现出了极大的应用前景。基因编辑工具的优化大概经历三个时期：一是编辑效率和应用范围的提高和拓展；二是脱靶活性的抑制；三是关注基因编辑的基因组毒性，其中主要指染色质结构变异。染色体结构变异包括染色体易位和大片度DNA丢失1。染色体结构变异严重威胁基因组的稳定性并干扰细胞的正常生命活动，进而促使细胞死亡、恶性增
2022-10-19
Molecular Biology & Evolution | 张蔚课题组与合作者揭示蝶类物种演化机制
化学感受在蝶类生活史和生殖隔离的建立中起着重要作用。然而，蝶类化学交流涉及感受功能及其他辅助功能的协同作用，研究其差异背后的分子机制仍然具有挑战性。袖蝶属以其穆氏拟态、复杂行为和作为辐射式演化的实例而闻名，是研究物种形成问题的理想模式。2022年10月17日，北京大学生命科学学院、蛋白质与植物基因研究国家重点实验室、北大-清华生命科学联合中心张蔚课题组与合作者在国际知名学术期刊Molecul
2022-10-18
Genome Biology｜同济大学王晨飞课题组整合单细胞与空间转录组数据构建细胞间相互作用预测方法评估流程
细胞间相互作用(Cell-cell interaction, CCI)是多细胞生物生命活动的基础。细胞之间可以通过配体、受体、代谢物等信号分子进行信号传递，并构成复杂的相互作用网络，从而与细胞内调控网络一并实现对细胞形态与功能的动态调控[1]。近年来，单细胞转录组测序技术(Single-cell RNA-sequencing, scRNA-seq)的发展，使得通过计算手段预测CCIs成为可能，大
2022-10-18
Analytical Chemistry | 上海交大杨立桃课题组开发出基因编辑作物突变体筛选、分型及编辑效率评估新方法（SMART和Cc-qPCR）
近日，化学分析领域权威期刊《Analytical Chemistry》和《Sensors and Actuators: B. Chemical》在线发表了生命科学技术学院张大兵团队杨立桃教授课题组的研究成果“One Versatile Cas9-Integrated Single-Tube Duplex Quantitative Real-Time PCR System for Rapid Ana
2022-10-14
JIPB |上海交通大学陆钰明课题组开发病毒代理筛选系统实现水稻基因高效敲除和敲入
近日，上海交通大学陆钰明课题组和朱健康院士团队合作在Journal of Integrative Plant Biology发表了题为“High-throughput genome editing in rice with a virus-based surrogate system”的研究论文（https://doi.org/10.1111/jipb.13381）。该研究通过双生病毒高效递送
2022-10-14
