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SnapGene是专业的的核酸、蛋白序列分析、处理软件,对于多序列的比对功能自然也是不在话下的。
下面以txt序列文件为基础,介绍一下详细的多序列比对流程:
1. 打开SnapGene,直接将txt拖入snapgene起始界面。
2. SnapGene将自动识别txt中的每个序列,并将其拆分成为单独的序列文件,点击“Import”,软件将生成一个文件夹,文件夹中含有txt中的每一个FASTA序列。
3. 用SnapGene打开任意一个序列(推荐打开文件大小最大的),选择Tools菜单栏中的“Align Multiple Sequences”功能(快捷键Ctrl+L)
4. 在弹出的窗口中,将剩下几个序列都选中,点击“打开”,SnapGene将对选中的序列进行多重比对:
5. 比对结果如下图所示,在下方的Map标签页,我们能够看到这几个转录变体同源及非同源区域所在的位置,非同源区域以空白或者三角显示,同源序列以蓝色显示。
6. 点击下方的Sequence标签页,我们能够看到具体的比对结果信息:
7. 我们可以用鼠标选中绿色的区域,复制粘贴就得到了这几个转录变体的同源序列了。
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