SnapGene # 手把手教您画质粒图谱

我来到你的城市 2021-07-27 09:17:33 阅读: 5716

首先，运行软件，打开界面如图所示。对于绘制质粒图谱，我们可以选择新建dna文件，将质粒序列复制到对话框中。

除此之外，还有两种方法可以使用。1、使用SnapGene Viewer打开gbk文件。2、点击Import，输入NCBI中的登录号。后面两种方法可以将注释到的蛋白直观的显示在质粒图谱中。我们以NCBI中的MF136779质粒为例，如下图所示。

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输入登录号后点击Import（或者打开下载好的gbk文件）进入主界面，操作区域主要可以分为左侧的工具栏，和下方的视图栏。

1. Map视图

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导入序列后，SnapGene Viewer会自动识别质粒序列上的酶切位点，并在图谱中标注出来。如果觉得呈现在图谱上太过繁琐，可以点击左侧最上方的图标将其去除，如下图。

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除了这种圈型图谱外，还可以根据自己的需求，转变成不同的表现形式。比如，可以将蛋白标签调至最外圈，或者将其展现为线型图谱。

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2. Sequence视图

尽管Map视图下的圈图图谱比较直观地展示了蛋白排布方式，但是却不利于进行序列分析。在Sequence视图下，我们可以清楚地看到序列信息，蛋白标签位置，氨基酸序列信息等。对于需要进行实验的区域，也可以在该视图下设计引物，标注在图谱中。

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3. Enzyme视图

Enzyme视图中展示的是质粒序列中存在的酶切位点位置及个数。

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4. Feature视图

Feature视图下可以添加、修改、编辑蛋白标签，包括名称、类型、形状、起始终止位置、方向等等。对于该示例图谱，hypothetical protein名字较长，在map视图下会显得很繁琐。我们可以在Feature视图中将它们的名字改成ORF，颜色改成白色。这里小编还将重点关注的基因标成红色，不同功能的基因标注不同的颜色，如下图所示。同学们也可以根据不同的需求将标签改成不同的颜色和形状哦。

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