SnapGene是一款功能强大的日常分子生物学软件，旨在为用户提供完善的计划，可视化和记录您的日常分子生物学程序的解决方案。拥有友好的用户界面，可以方便，全面地记录我们经常生成的所有结构。可在SnapGene中完成所有克隆，并且优化改善你的策略，快速创建质粒图谱，并提供优雅，信息丰富的窗口，用于模拟各种常见的克隆和PCR方法。它节省了大量的时间和金钱，容易操作的可视化和模拟，提前预测可能发生的错误，并提醒用户进行改善，整个过程中，每一个操作都会自动记录，这样的话，用户可以清楚准确的看到你所有的操作内容，并可以通过.dna文件与同事共享丰富的带注释的地图和序列。

1. 界面介绍

菜单栏

File：打开、建立、保存相关文件等；

Edit：编辑功能，包括复制选中一些序列等；

View：切换几个视图等；

Enzymes：显示、选择酶切位点等；

Feature：显示、注释（命名）一些片段等；Primers：添加引物等；

Actions：进行模拟PCR、无缝克隆等；

Tools：含有序列比对等工具；

Window：窗口操作；

Help：提供帮助文件、版本号等信息。

图1 pCAMBIA35S-4×Myc-MCS-3×FLAG植物表达质粒

Map视图下侧边栏

从上到下依次为：

Show enzymes：可设置限制酶的筛选条件，从而找出unique酶；

Show features：显示片段的标注；

Show primers：显示引物；

Show translations：显示翻译后的序列；

Show colors：显示自定义序列颜色（默认序列为黑色）；

Show features on the DNA line：改变feature的显示位置；

Show feature labels：是否显示feature的命名；

Show locations：是否显示酶切位点的位置；

Show horiziontal map：是否将质粒以线性方式显示；

Show alignments：显示序列比对。

图2 SnapGene Map视图下侧边栏

Sequence视图下侧边栏

从上到下依次为（仅说明独特选项）：

Show a minimap：在顶部显示feature；

Use compact format：仅显示文字序列；

Use 3-letter amino acid codes：氨基酸缩写转换；

Use horiziontal scrolling：单行、多行显示转换。

图3 SnapGene Sequence视图下侧边栏

2. 查看质粒

查看质粒的方式有两种：

1. dna文件可直接用SnapGne软件打开后查看

2. 网上复制的DNA序列可通过依次点击File-New DNA File或在最初界面点击DNA File后，粘贴后点击Ok即可。

3.  双元载体（binary-vector）示意图

（1）打开SnapGene，点击New DNA file，弹出图4窗口；在Creat the following sequence窗口下输入DNA序列，并对该文件命名，点击OK。或是点击Import from Genebank，输入NCBI中某序列的access number，点击OK。

图4

（2）完成后弹出图5窗口。

（3）对该序列进行注释：点击 Features → Add Feature，对该序列进行命名注释。

图5

（4）可以根据需要点击侧边栏Show translations查看序列翻译信息。黄色箭头代表的是上面一条链编码序列，绿色箭头代表的是下面一条链编码序列。

（5）进入Sequence视图。查看Show translations下拉列表。选择All 6 frames查看所有的移码突变情况。

图6

4. 给目的序列添加引物及酶切位点标签

在多克隆位点处找到合适的两个酶切位点，如ApaI和XbaI。点击Primer→Add primers，将已经设计好的上游引物粘贴到5'-3'的框中。

给该引物命名，然后点击Insrtion，在该引物上添加之前选择好的酶切位点序列，如图7选择ApaI，点击Insert。GGGCCC即为酶切位点的序列。

然后在该序列5'端添加数个碱基作为保护碱基，保护碱基列表可以通过百度获取。点击OK完成添加。

下游引物设计相同，不再赘述。

图7

5. 模拟PCR

添加引物标签的序列需要通过模拟PCR才能获得完整的Product序列。因此下面将介绍如何进行模拟PCR。

（1）点击Actions→PCR。出现图8界面，在红色框处选择引物，并命名为Amplified.dna，点击PCR。

（2）PCR完成后出现图9界面，可以看到在序列两端已经带上了我们想要的酶切位点。

图8

图9

6. 模拟限制性克隆

（1）打开被插入片段的质粒图谱，Ctrl+单击选择合适的两个酶切位点，如ApaI和XbaI，如图10。

（2）点击Actions→Restriction and Insertion Cloning→Insert Fragment，弹出图11窗口。

图10

图11

（3）点击粉红色线条下面的Insert。出现图12窗口。

（4）根据顺序分别选择目的片段、限制性酶和酶切片段的长度。点击clone，出现图13窗口。保存后即完成构建。

（5）之后可根据需要标注Feature等。

图12

图13