Assignment 2

getwd()
setwd("/Users/Adobe/Desktop/R/A4")         #Set up working space
getwd()

pdf(file="A4-1_boxplot.pdf")

#pdf函数会生成一个矢量图片，不会因为放大而模糊而且文件很小，推荐大家使用。

#其他函数比如png()等可以设置清晰度，但是文件偏大

#具体请参考链接http://blog.sina.com.cn/s/blog_1393e7b920102x6sk.htm）

#例如如下代码：

png("file="A4-1_boxplot.pdf"",width=600,height=600)

mydata<-read.csv("data1.csv")           #input a table

mydata
boxplot(Height~Body,                    #以Body 为因子画出Height的 boxplot
        data = mydata,       
        main="Adult's Body Index",
        notch=FALSE,                    #设置box时候有缺口
        col=rainbow(3),        
        horizontal= TRUE)               #设置box是否水平

#read.csv() 和 read.table()具体区别请看链接

#http://blog.csdn.net/anneqiqi/article/details/51085675

dev.off()                               #关闭图形设备

Figure

A3

cancer <- read.csv(file.choose())  #file.choose()可以开启一个选项卡，灰常方便
rownames(cancer) <- cancer[,1]          
cancer <- cancer[,-1]
pdf(file = "boxplot.pdf",8,6)      #输出pdf，并设置宽度8高度6inches，默认为7

boxplot(KRAS~TUMOR,                #以TUMOR为因子，画出KRAS的boxplot
        data = cancer,             #上面变量的来源的数据框frame或者list
        boxwex = 0.25,             #box的宽度，以为有多组,所以宽度窄一些比较好
        at = c(2,4)-0.5,           #设置每个box的开始画的点，这是从1.5和3.5开始
        xlab = "Gene",
        ylab = "Expression",
        xlim = c(1.2,4.8),         
        ylim = c(0,2100),          #设置，X，Y轴的范围
        axes = F,                  #暂时禁止生成坐标轴，后面进行自定义。
        main = "RAS expression",
        col = "green"
        )

boxplot(NRAS~TUMOR,
        data = cancer,
        add= T,                    #逻辑值，如果为TRUE，则在现有的图上增加
        boxwex = 0.25,             #R011同学很聪明呀，以（2，4）为基准值
        at = c(2,4),
        names = c("Normal","Tumor"),
                                   #设置每组的box名称
        col = "yellow"
        ）

boxplot(HRAS~TUMOR,
        data = cancer,
        add= T,
        boxwex = 0.25, 
        at = c(2,4)+0.5,
        axes = F,                  #如果axes=TRUE，每次都会默认生成一个坐标轴
        col = "purple"
)

legend(1.5,2000,                   #设置legend图例开始的点
       cex= 1.2,                   #cex设置文字的放大倍数，参考下面链接
       bty = "n",                  #图例填充的边框类型，o表示有边框，n为无边框
       c("KRAS","NRAS","HRAS"),
       fill = c("green","yellow","purple")
                                   #图例填充的颜色
       )

#legend具体请参考help(legend)或者下面链接

#http://blog.csdn.net/myl1992/article/details/45826931

#高级绘图参数，例如cex等参考如下链接

#http://www.cnblogs.com/holbrook/archive/2013/05/13/3075777.html

dev.off()