上传不了照片,这是为什么！！

作业使用R markdown 完成，如有兴趣请看代码压缩文件R2-01(R05).Zip

R2-01-01

R-05

2017/10/31

载入需要的包ggplot2 & 读入数据

library("ggplot2")#R1_data <- read.csv(file.choose()) # R markdown 一直报错，不知道为啥？R1_data <- read.csv(file = "/Users/Adobe/Desktop/D/R/phase2/R2-1/data/R2-1-1.csv",header = T)head(R1_data) #查看数据的前几列

##   SIZE     A    B
## 1    S -2.66 2.14
## 2    M  2.36 1.73
## 3    M -1.44 2.23
## 4    M -1.04 1.42
## 5    M  2.15 1.80
## 6    M  3.31 1.71

使用str函数查看数据框的数据集

str(R1_data)

## 'data.frame':    95 obs. of  3 variables:
##  $ SIZE: Factor w/ 3 levels "L","M","S": 3 2 2 2 2 2 2 1 1 1 ...
##  $ A   : num  -2.66 2.36 -1.44 -1.04 2.15 3.31 -2.46 -1.48 1.57 1.15 ...
##  $ B   : num  2.14 1.73 2.23 1.42 1.8 1.71 2.12 2.26 1.82 2.47 ...

R1_data <- na.omit(R1_data) #忽略空值

start to plot

According plot shape choose “Hollow triangle” shape = 2 Adjust xlim $ ylim

p <- ggplot(R1_data,aes(x = A ,y = B ,color = SIZE)) +
  geom_point(shape = 2) +  
  labs(x = "A gene expression" ,y = "B gene expression",       title = "R05-1",caption = "It's really my work ,see my name,hahahahah") +
  xlim(-2,3) +
  ylim(-1,3) print(p)

## Warning: Removed 5 rows containing missing values (geom_point).

given figure is square

getwd()

## [1] "/Users/Adobe/Desktop"

ggsave("R2-01-01.png",dpi = 300) # save square png plot

## Saving 7 x 5 in image

## Warning: Removed 5 rows containing missing values (geom_point).

ggsave("R2-01-01.pdf",dpi = 300) # save square pdf plot

## Saving 7 x 5 in image

R2-01-02

R-05

2017/10/31

载入需要的包ggplot2 & 读入数据

library("ggplot2")#R2_data <- read.csv(file.choose()) # R markdown 一直报错，不知道为啥？R2_data <- read.csv(file = "/Users/Adobe/Desktop/D/R/phase2/R2-1/data/R2-1-2.csv",header = T)head(R2_data) #查看数据的前几列

##   SIZE Time value
## 1    N    1  2.14
## 2    N    2  1.73
## 3    N    3  2.23
## 4    N    4  1.42
## 5    L    1  1.80
## 6    L    2  1.71

使用str函数查看数据框的数据集

str(R2_data)

## 'data.frame':    16 obs. of  3 variables:
##  $ SIZE : Factor w/ 4 levels "H","L","M","N": 4 4 4 4 2 2 2 2 3 3 ...
##  $ Time : int  1 2 3 4 1 2 3 4 1 2 ...
##  $ value: num  2.14 1.73 2.23 1.42 1.8 1.71 2.12 2.26 1.82 2.47 ...

R2_data <- na.omit(R2_data) #忽略空值

start to plot

p <- ggplot(R2_data,aes(x = Time ,y = value ,color = SIZE,shape = SIZE)) +
  geom_point(size = 3) +
  geom_line(col = "black")#scale_fill_manual(values = "red","green","blue","NA" ) 先测试一下#shape = c(1,2,0,3)#fill = c("red","green","blue")print(p)

可以使用ggtitle(“this is a title”) 或者 labs(title = “this is a title”)

p <- p + ggtitle("R05-1-2") print(p)

given figure is square

getwd()

## [1] "/Users/Adobe/Desktop"

ggsave("R2-01-02.png",dpi = 300) # save square png plot

## Saving 7 x 5 in image

ggsave("R2-01-02.pdf",dpi = 300) # save square pdf plot

## Saving 7 x 5 in image