作业一

library(ggplot2)
plot1 <- ggplot(mtcars, aes(factor(cyl))) + 
  geom_bar(aes(fill = factor(gear)), width = 0.6) + 
  labs(title = "Here is title", subtitle = "Here is subtitle", caption = "R2-05", x = "cyl", fill = "gear")

# 更改图例名p1

print(plot1)
mytheme <- theme_classic() +
           theme(panel.grid.major = element_blank(),
                 panel.grid.minor = element_blank(),   #隐藏网格线
                 legend.position = "none",             #移除图例，参考R数据可视化手册181-186页，关于移除图例的方法。
                 plot.caption = element_text(face = "bold.italic") )
plot1 + mytheme

library("ggplot2")
library("latex2exp") #使用"latex2exp"包 进行输出数学符号

#自定义主题

mytheme <- theme_classic() +
  theme(panel.grid.major = element_blank(),
        panel.grid.minor = element_blank(),   #隐藏网格线
        legend.position = "none",             #移除图例，参考R数据可视化手册181-186页，关于移除图例的方法。      
        plot.caption = element_text(face = "bold.italic") )

##读入文件,为了后续画图进行编辑增加两列 

myvolcano <- read.csv(file.choose())       
head(myvolcano)
myvolcano$significant <- ifelse(abs(log2(myvolcano$FC)) > 1 & myvolcano$q_value < 0.05,"yes","no" )
myvolcano$mylabels <- ifelse(abs(log2(myvolcano$FC)) > 1 & myvolcano$q_value < 0.05,
                             as.character(myvolcano$Gene.ID),NA)

## subset data 因为要对途中显著差异的点标记label，没有想到好的方法 所以决定利用ggplot

## 的图形可以叠加显示的特点，利用新建一个数据框两次画图，叠加label，并设置颜色。

mysig <- subset(myvolcano,significant == "yes")
mysig

##为了后续方便初始定义两个变量

ydrop = -0.6
textdrop = 0.3

#初始画图

myplot <- ggplot(myvolcano,aes(x = log2(FC) , y = -log2(q_value),size = significant)) + 
          geom_point(col = "grey70",alpha = 1) +  #设置所有的颜色为grey70
          xlim(-2.5,2.7) +
          ylim(-0.8,15) +
          scale_size_manual(values = c(2,0)) +   
  #自定义点的大小在这里显著差异的点的大小设置为0，为后续覆盖点做准备
          geom_point(data = mysig,aes(x = log2(FC),y = -log2(q_value),col = mylabels),
             size = 4,
             #设置扰动，解决重叠问题,解决的也不好，求大神！！！
             position = position_jitter(height = 0.1,width = 0)) + 
          geom_text(aes(label = mylabels),size =3,hjust = 0,vjust = -1,col = "black",
            fontface = "italic") +  #设置label文本
  #画箭头等细节
  annotate("segment", x = 1 , xend = 2.5, y = ydrop,yend  = ydrop ,color = "black",
           size = 1,arrow = arrow(angle = 18,ends = "last",type = "closed")) +
  annotate("segment", x = -1 , xend = -2.5, y = ydrop,yend  = ydrop ,color = "black",
           size = 1,arrow = arrow(angle = 18,ends = "last",type = "closed")) +
  annotate("text",x = 1.7,y = textdrop,label = "Upregulated",size = 4.5) +
  annotate("text",x = -1.7,y = textdrop,label = "Downregulated",size = 4.5)  +
  #设置坐标轴标题的细节
  labs(title = "CMTM6 sgRNA2 vs Control",
       caption = "create by R2-05") +    #设置图注
  labs(x = expression(log[2])) +         #设置数学符号，请参考如何R 数学公式
  labs(x = expression(paste(log[2],"(fold change)")),
       y = expression(paste(-log[2],"(Q value)")))

##设置主题 调用自己的主题  

 myplot + 
  theme(plot.title = element_text(hjust = mean(range(log2(myvolcano$FC)))+ 0.1)) +
  geom_vline(xintercept = 0,linetype = 2 ,size= rel(0.8)) +  # adding a line
  mytheme