library(ggplot2)
my_plot<-ggplot(
  mtcars,
  aes(
    x=factor(cyl),
    fill=factor(gear)
  )
)+
geom_bar(width = 0.5)+
labs(
  title = "Here is title", 
  subtitle = "Here is subtitle", 
  caption = "R2-02", 
  x = "cyl"
)

theme_new <-function(){
  theme_classic() +
  theme(
    panel.background=element_rect(fill='white'),#背景
    panel.grid = element_blank(),#网格
    legend.position = "",#标签
    axis.line = element_line(color = "black"),#坐标
  )
}

my_plot+theme_new()

#先手动把csv的第一个改为gene.ID
#注意获取某一列的数据的方式，在ggplot外面必须加上dataframe的标识，在内部不需要加
library(ggplot2)
library(latex2exp)

theme_new <-function(){
  theme_classic() +
  theme(
    panel.background=element_rect(fill='white'),#背景
    panel.grid = element_blank(),#网格
    legend.position = "",#标签
    axis.line = element_line(color = "black")#坐标
  )
}


myvolcano<-read.table("E:/nature23643-s4.csv",header = T,sep = ",")

myvolcano$significant<-ifelse(abs(log2(myvolcano$FC))<1,"not","yes")

head(myvolcano)

myvolcano$lables<-ifelse(abs(log2(myvolcano$FC))<1,NA,as.character(myvolcano$gene.ID))

head(myvolcano)

mysig<-subset(myvolcano,significant=="yes")

head(mysig)

ydrop = -0.6
textdrop=0.3

p1<-ggplot(
  data = myvolcano,
  aes(
    x=log2(FC),
    y=-log2(q_value),
    size=significant)
  )+
  geom_point(color="grey",alpha=0.4)+
  xlim(c(-3,3))+ylim(c(-1,16))+
  scale_size_manual(values = c(2,0))+
  geom_vline(xintercept = c(0),lty=4,col="black",lwd=0.5)+
  geom_hline(yintercept = -log2(1/32),lty=4,col="red",lwd=0.5)+
  #overlap
  geom_point(
    data = mysig,
    aes(x=log2(FC),
        y=-log2(q_value),
        color=lables
    ),
    size=4
  )+
  geom_text(
    aes(label=lables),
    size=3,
    hjust=0,
    vjust=-1,
    col="black",
    fontface="italic"
  )+
  annotate(
    "segment", 
    x = 1,
    xend = 2.5,
    y = ydrop,
    yend  = ydrop,
    color = "black",
    size = 1,
    arrow = arrow(
      angle = 18,
      ends = "last",
      type = "closed"
    )
  ) +
  annotate(
    "segment",
    x = -1,
    xend = -2.5,
    y = ydrop,
    yend  = ydrop,
    color = "black",
    size = 1,
    arrow = arrow(
      angle = 18,
      ends = "last",
      type = "closed"
    )
  ) +
  annotate(
    "text",
    x = 1.7,
    y = textdrop,
    label = "Upregulated",
    size = 4.5
  ) +
  annotate(
    "text",
    x = -1.7,
    y = textdrop,
    label = "Downregulated",
    size = 4.5
  )
p1+theme_new()+ggtitle("R2-02")