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火山图太难,这周的就简单多了
任务说明:
1 数据见附件,该数据是自己课题的一部分经改造的结果。(课题背景:我们为了筛选水稻中根特异的抗旱相关的miRNA,构建了四个文库进行small RNA 测序,CL:control leaf,CR:control root,DL: drought leaf , DR: drought root, 对可能的差异表达基因做heatmap的可视化分析,以期可以直观的找到根特异抗旱相关miRNA), 由于这是植物相关的,医学背景的同学也可以选择自己的表达量数据,但原理应该相同的。自己的数据请在交作业时提交,以便审核作业
2 Plyr、reshape2、scales、melt()、ddply()、geom_tile()或者geom_raster(),学习标准化数据的scale和rescale
3 若自己的基因表达数据,如果对基因的顺序没有规定,最好做聚类分析完了再作图,做出的图色块会均匀,会好看一点
4 标题命名为R2-你的编号
5图例颜色等请随机发挥
5 有时间的朋友可以选择去用更多的包去做heatmap,请参考(https://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/moac/people/students/peter_cock/r/heatmap/)
一直觉得ggplot的热图没有heatmap包的好看,大家可以学习其他的方法哦
附件