Curr Biol | 北京大学焦雨铃组和合作者通过学科交叉研究揭示植物原基早期形态建立机制
形态建成（morphogenesis）是发育生物学研究的核心问题之一。植物器官的最终形态在很大程度上受其早期原基形态的影响。因此，理解原基形态的发育机制对理解植物器官的形态建成至关重要。然而，虽然多年来的研究已经发现了诸多调控原基发育的因子，但这些因子影响的具体生物过程以及最终决定原基形态的机制仍不甚明了。
Communications Biology | 上海交大吕晖课题组开发出基因组二代测序数据质控新方法
近日，国际知名期刊《Communications Biology》在线发表了上海交大吕晖教授课题组题为“FVC as an adaptive and accurate method for filtering variants from popular NGS analysis pipelines”的最新研究成果。该研究提出了一种新的基因组二代测序数据质量控制方法，有效提升了二代测序检出的基因变异
Stem Cell Reports | 北京大学医学部向宽辉时艳李彤合作利用干细胞分化技术建立静息态肝星状细胞模拟早期肝纤维化过程的体外模型
2022年10月20日，北京大学基础医学院庄辉/李彤/向宽辉研究组和邓宏魁/时艳研究组合作，在干细胞生物学领域权威期刊Stem Cell Reports上在线发表题为“Generation of functionally competent hepatic stellate cells from human stem cells to model li
Nature | 北京大学医学部长涛教授团队发现肠道菌群通过降解尼古丁，改善吸烟加重的非酒精性脂肪肝炎
烟草的使用是全球疾病和死亡的最主要可预防性因素。我国直接吸烟人口超过3亿，被动暴露于烟雾环境中的人数更是难以统计。众所周知，吸烟不仅是肺癌重要的致病因素，更与心血管疾病、糖尿病等多种代谢性疾病息息相关。近年来多项流行病学证据显示，长期吸烟与非酒精性脂肪肝炎（NASH）的进程密切相关，但其分子机制和干预策略研究仍为空白。因此，解
Nature Communications | 清华大学生命学院张强锋课题组开发单细胞测序数据在线整合的人工智能算法
随着单细胞测序技术的发展，单细胞科学研究不断深入，规模越来越大，所研究的对象也越来越复杂。整合来源不同的单细胞测序数据，消除批次效应，进行全面挖掘和解析，是现在单细胞测序数据分析的一个基础和核心环节。目前单细胞测序数据整合面临以下几方面难题：1）不同实验样本、实验平台、建库方法乃至操作等因素带来的批次效应会在单细胞测序数据中引入非生物学噪音，干扰细胞间生物学差异的提取和解析；2）单细胞研究的
Nucleic Acids Research | 北京大学胡家志课题组与合作者追问在体基因编辑的安全性
近年来，CRISPR-Cas等新一代的基因编辑工具在肿瘤免疫治疗和基因在体治疗等过程中展现出了极大的应用前景。基因编辑工具的优化大概经历三个时期：一是编辑效率和应用范围的提高和拓展；二是脱靶活性的抑制；三是关注基因编辑的基因组毒性，其中主要指染色质结构变异。染色体结构变异包括染色体易位和大片度DNA丢失1。染色体结构变异严重威胁基因组的稳定性并干扰细胞的正常生命活动，进而促使细胞死亡、恶性增
Molecular Biology & Evolution | 张蔚课题组与合作者揭示蝶类物种演化机制
化学感受在蝶类生活史和生殖隔离的建立中起着重要作用。然而，蝶类化学交流涉及感受功能及其他辅助功能的协同作用，研究其差异背后的分子机制仍然具有挑战性。袖蝶属以其穆氏拟态、复杂行为和作为辐射式演化的实例而闻名，是研究物种形成问题的理想模式。2022年10月17日，北京大学生命科学学院、蛋白质与植物基因研究国家重点实验室、北大-清华生命科学联合中心张蔚课题组与合作者在国际知名学术期刊Molecul
Genome Biology｜同济大学王晨飞课题组整合单细胞与空间转录组数据构建细胞间相互作用预测方法评估流程
细胞间相互作用(Cell-cell interaction, CCI)是多细胞生物生命活动的基础。细胞之间可以通过配体、受体、代谢物等信号分子进行信号传递，并构成复杂的相互作用网络，从而与细胞内调控网络一并实现对细胞形态与功能的动态调控[1]。近年来，单细胞转录组测序技术(Single-cell RNA-sequencing, scRNA-seq)的发展，使得通过计算手段预测CCIs成为可能，大
Analytical Chemistry | 上海交大杨立桃课题组开发出基因编辑作物突变体筛选、分型及编辑效率评估新方法（SMART和Cc-qPCR）
近日，化学分析领域权威期刊《Analytical Chemistry》和《Sensors and Actuators: B. Chemical》在线发表了生命科学技术学院张大兵团队杨立桃教授课题组的研究成果“One Versatile Cas9-Integrated Single-Tube Duplex Quantitative Real-Time PCR System for Rapid Ana
JIPB |上海交通大学陆钰明课题组开发病毒代理筛选系统实现水稻基因高效敲除和敲入
近日，上海交通大学陆钰明课题组和朱健康院士团队合作在Journal of Integrative Plant Biology发表了题为“High-throughput genome editing in rice with a virus-based surrogate system”的研究论文（https://doi.org/10.1111/jipb.13381）。该研究通过双生病毒高效递送
Molecular Cell | 北京大学朱卫国/杨洋团队发现胞质组蛋白去乙酰化酶SIRT6促进脂肪酸氧化的新机制
非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）是最常见的慢性肝脏疾病之一，NAFLD包括单纯性脂肪肝和非酒精性脂肪性肝炎（NASH），后者是一种更为严重的代谢性肝病，可以增加肝细胞癌的发生率。目前，NAFLD发病的病理生理机制仍未完全阐明，临床上仍缺乏有效的治疗手段。因此，深入研究NAFLD的发病机制成为肝脏领域和代谢领域的研究热点。
Circ Res | 北京大学医学部孔炜教授团队揭示PHB2在平滑肌能量代谢及表型调控中的作用及机制
血管平滑肌细胞具有较强的表型可塑性，在病理刺激如生长因子、炎症因子或机械牵张等的作用下，平滑肌细胞会发生由收缩表型向分泌表型、炎症表型等转化。多项报道表明，平滑肌细胞表型转化是动脉粥样硬化、血管损伤后再狭窄、动脉瘤、血管钙化等多种血管疾病发病的早期步骤和关键环节。最近的研究提示，平滑肌细胞表型转化的同时伴随有由氧化磷酸化向有氧糖酵解的代谢方式转型。然而，平滑肌细胞代谢重编程与表型转
IJBA | 上海交大陈海峰课题组发表核酸分子力场的最新研究成果
近日国际知名期刊International Journal of Biological Macromolecules在线发表了上海交大陈海峰教授课题组题为“Base-Specific RNA Force Field Improving the Dynamics Conformation of Nucleotide”的最新研究成果。该研究提出了一套碱基特异性的RNA分子力场（BSFF1），有效的提升
Nature Communications | 北京大学季雄团队鉴定RNA聚合酶II转录工厂控制因子RUVBL2
RNA聚合酶II（Pol II）作为真核细胞中转录核心机器，主要负责转录编码蛋白质的mRNA和部分非编码RNA。Pol II在细胞中并不是均匀分布的，而是在细胞核中形成大量聚集的簇（cluster），这些簇通常被称为转录工厂或者转录凝聚体。转录工厂是在1993年由Peter Cook 和Luitzen de Jong课题组在RNA聚合酶和新生RNA标记成像的实验中偶然发现 1,2，2012年
CellResearch | 复旦大学麻锦彪团队和中科大张凯铭团队合作解析人源m6A甲基化酶复合物冷冻电镜结构
2022年9月27日，复旦大学麻锦彪团队和中国科学技术大学张凯铭团队合作在Cell Research杂志在线发表了题为《Cryo-EM structures of human m6A writer complexes》的文章，该研究通过冷冻电镜解析了两套分辨率在3.0Å的人源m6A甲基化酶调控亚基复合物的核心区域高分辨结构，以及整体分辨率为4.4 Å的人源m6A甲基化酶复合物整体结构。
PNAS | 复旦大学王应祥团队揭示减数分裂重组热区基因沉默的分子机制
减数分裂是真核生物有性生殖所必需的一种特殊的细胞分裂方式，最终产生单倍体配子。减数分裂重组是减数分裂的核心事件，其起始于保守的DNA拓扑异构酶复合体（SPO11-1/SPO11-2/MTOPVIB）介导DNA双链断裂（DSB）的产生。减数分裂同源染色体重组除了创造新的等位基因组合，既确保了生物世代间遗传物质在稳定传递，又增加了后代
Nature | 清华大学生命学院陈柱成与合作者揭示NuA4选择性乙酰化组蛋白H4的机理
生物体遗传信息DNA缠绕组蛋白八聚体1.7圈形成了染色体的基本组成单位——核小体。组蛋白H4的 N端尾巴与临近的核小体相互作用，促进染色体高级结构的形成以及异染色质沉默。核小体组装和异染色质形成阻碍了DNA的复制、转录以及损伤修复等重要生物学过程。生物体进化出了一系列的机制来克服核小体的阻碍。其中，组蛋白乙酰化修饰中和赖氨酸侧链的正电荷，并招募其他染色质因子，进而调控染色质折叠、基因转录以及DNA
Science丨复旦大学徐彦辉团队揭示+1核小体调控转录起始机制
作为基因表达调控的核心，转录起始过程发生在基因启动子区，通过染色质重塑复合物剔除核小体暴露出启动子, 允许转录起始复合物（preinitiation complex，PIC）的组装，在中介体（Mediator）的帮助下组装成PIC-Mediator转录起始超级复合物。我院徐彦辉团队在2020和2021年连续发表四篇Science论文（1-4），围绕人源转录起始机制研究取得了系列重要突破
Communications Biology | 复旦大学李继喜/赵国屏团队合作解析结核分枝杆菌EF-Tu的结构基础及分子机制
2022年10月3日，国际学术期刊《Communications Biology》在线发表了复旦大学生命科学学院李继喜教授课题组与中科院植物生理生态研究所赵国屏院士团队的合作研究成果“Structural insights of the elongation factor EF-Tu complexes in pr
eLife | 清华大学生命学院梁鑫课题组揭示果蝇痛觉神经元感知局部刺痛的细胞生物学机制
动物对于机械力的感受是将外界力的刺激转化成为生物信号的是一种生理过程。对于机械力刺激的感知是多种感觉过程的基础，包括触觉，听觉和机械痛觉等。为了应对环境中复杂的力学刺激，生物体发展多种多样的机械力感受细胞。其中，机械痛觉感受细胞可以感受具有伤害性的外力刺激，使得生物体能够规避危险，这对于生存至关重要。果蝇幼虫的IV型多树突神经元（c4da）是研究机械痛觉原理和机制的模式细胞，之前的研究揭示了