寡核苷酸介导的诱变实验
1. 将一个单链噬菌体产生的噬斑转移至含有1 ml 灭菌TY培养基的1.5 ml 微量离心管中,60℃温育5min,以杀灭细菌细胞,剧烈振荡以释放琼脂中的噬菌体,离心2 min。
2. 将100 μl 上清转移至1 L 的烧瓶,瓶中装有100 ml 培养基,其中含0.25 μg/ml 的尿苷。
3. 加5 ml 处于对数生长中期的大肠杆菌培养液,于37℃剧烈 振摇培养6~18 h。
4. 以5 000 g 离心30 min,保留上清。
5. 确定噬菌体在ung-大肠杆菌对ung+大肠杆菌中的相对滴度。
4. 毎4体枳的上清加1体积的5×PEG/NaCl溶液以沉淀噬菌体,混匀,0℃温育1 h。
6. 5 000 g 离心15 min,倒弃上清,在15ml Corex管内用5 ml TE缓冲液溶解沉淀,在旋涡混合器上剧烈振荡。
7. 将噬菌体溶液置冰上1 h,如上步再次离心以去除细胞碎片,再用酚抽提和乙醇沉淀单链噬菌体DNA,通过测260 nm 吸光值确定DNA浓度。
8. 在1.5 ml 微量离心管内加入下列试剂:
(1)20 μl 10×T4多核苷酸激酶缓冲液
(2)2 μl 10 mmol/l ATP
(3)突变的寡核苷酸(长15~20个核苷酸〉
(4)加水至20 μl
(5)2 U T4多核苷酸激酶
(6)37℃温育60 min,加3 μl 100 mmol/l EDTA并加热至70℃终止反应。
9. 加含尿嘧啶的单链环状DNA模扳(通常为1μg DNA溶解在1 μl 体积)至磷酸化的寡核苷酸中,加1.25 μl 20×SSC,充分混匀,离心5 s。
10. 将离心管放入一个盛有70 ℃水的500 ml 烧杯中,自然冷却至室温后离心5 s,置于冰上。
11. 加入下列试剂以形成杂交混合液:
(1)20 μl 5×聚合酶混合物
(2)2.5 U或T4 DNA聚合酶
(3)2 U T4 DNA连接酶
(4)加水至100 μl
(5)充分混匀,然后置于0℃5 min,室温5 min,37℃2 h。
(6)最后加3 μl 500 mmol/l EDTA终止反应。
12. 取20 μl 在0.8%的琼脂糖上电泳。对照泳道应包括单链环状病毒DNA,双链闭环DNA和带切口的双链坏状DNA。
13. 根据电泳结 果估算DNA的量,用1~100 ng的双链DNA产物转化ung+大肠杆菌。
14. 选择性地或随机挑取所得克隆(噬斑或菌落)用以分离纯的克隆原种。
15. 通过DNA序列测定对选出的克隆进行分析。