染色质免疫共沉淀技术的原理是在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很小的片断，并沉淀下来。

一，    细胞固定 （离心机预冷，化COCKTAIL）

1.    每1ml细胞加入27 ul 37%甲醛，迅速混匀，室温慢摇，固定。 （固定时间：组蛋白，8-1分钟；HA，FLAG：15-20分钟；一般的转录因子：30分钟左右）

2.    加入10X甘氨酸22.2ml (B) 除去甲醛，室温慢摇5min。（甘氨酸的终浓度1X）

3.    2000rpm，2min，吸走上清。

4.    加入1mlPBS重悬，吹打混匀，转移到1ml的离心管中。4°C，2000rpm，2min，吸走上清。

5.    再次加入1mlPBS重悬。 4°C，2000rpm，2min，吸走上清。沉淀可冻存于负80度。

TIPS：1，包括以下步骤，PBS中加入一些蛋白酶抑制剂Cocktail；2，注意固定温度，25度左右，冬天温度太低，可以放在杂交炉。3，超声样品要放在放冰水混合物中，随时注意加冰。

二，    超声破碎DNA

1.    要做预实验摸超声条件，取20ul核裂解液，加入1ul蛋白酶k（20mg/mL），65℃孵育至少6h，加入1ul RNase A，37℃ 30min。电泳检测染色质超声片段的大小应在200－1000bp之间为最佳。

2.     离心机预冷，化Cocktail。

3.     每管加入500ul细胞裂解液和Cocktail， 4°C转床5分钟。

4.     4°C，2000rpm，5分钟，吸走上清。

5.     每管加入500 ul核裂解液，超声。（不同细胞可能会加入不同量的核裂解液，看要分成多少份了 ）。

6.     4°C，12000g，10min。将上清液转移至另一离心管。测浓度，应大于 1ug/ul （超声液可以冻存在-80度。我做pol2的抗体，浓度只有100ng/ul，也能拿到很好的结果。抗体不好用的话，最好保证超声液的浓度）。

三，    免疫沉淀

1.    超声后将超声液都混在一起混匀，用4℃，12500g离心10min，取上清。然后再分成不同等份加抗体。

2.     每次做免疫沉淀至少应该有阴性和阳性对照，即样品对照和IgG的对照，并且取固定比例的超声液做input，一般取总超声液的1/50即可。

3.     在1.5mL离心管中加入200ul超声液，400ulChIP Dilution Buffer， Cocktail，20ul磁珠（磁珠加入之前总磁珠充分混匀，边加还要边混，特别是对照实验，要保证磁珠加的一样多），5ug抗体（每种抗体浓度不一样，需要计算好），4℃慢摇过夜（用旋转仪最慢速旋转）。

4.     依次用低盐，高盐，Licl，TE缓冲液500mL去洗磁珠，每次洗5min。（整个过程在冰上进行，第一次，用缓冲液洗之间应该换管子，每次洗都放到4℃去转）

四，    解交联

1．        将ChiP elution buffer室温孵育让其中SDS完全溶解（最好每次都现配，时间不要放太久），在上述磁珠中加入100ul chipelution buffer，1ul蛋白酶k（20mg/mL），充分混匀，65℃ 2h以上或者过夜。

TIPS:1, input一定跟着相同的加，然后一起解交联。2, 注意加上封口膜，防止高温时液体的蒸发和泄漏。3，TE洗完之后，可以短暂低速离心，并充分吸走上清。

2  将管子放入磁力架中，将上清转移至另一EP管中.

五，    DNA纯化

六，    定量PCR 验证。