引物延伸实验
1. 依次加入下列试剂,建立用以标记引物的反应混合液(终体积10 μl)
(1)2.5 μl H2O
(2)1 μl 10×T4多核苷酸激酶缓冲液
(3)1 μl 0.1 mol/l DTT
(4)1 μl 1 mol/l 亚精胺
(5)1 μl 50~100 ng/μl 挂核苷酸引物
(6)3 μl 10 μCi/μl[γ-32P]ATP
(7)0.5 μl 20~30 U/μl T4多核苷酸激酶
(8)37℃温育1 h。
2. 加入2 μl 0.5 mol/l EDTA和50 μl TE缓冲液终止反应,于65℃温育5 min。
3. 用硅化过的1 000 μl 吸头塞上玻璃棉作成一小离子交换拄,加入20 μl AG 50W-X8树脂和100 μl DE-52树脂,以1 ml TEN缓冲液洗柱。
4. 将步骤2的标记反应物加入柱子,收集流出液重复上柱。
5. 用1 ml,TEN100缓冲液洗柱,然后以0.5 ml TEN300洗,弃洗脱液。
6. 以0.4 ml TEN600缓冲液洗脱标记寡核苷酸引物,收集流出液,在有合适屏蔽的容器中保存于-20℃备用。
7. 取RNA样品在微量离心管中将下列物质混合(终体积15 μl):
(1)10 μl 细胞总RNA
(2)1.5 μl 10×杂交液
(3)3.5 μl 放射性标记寡核苷酸
(4)确保微量离心管密封,并将其淹没在65 ℃水洛中90 min,取出在空温中慢慢冷却。
8. 在冰浴的微量离心管中加入以下延伸反应混合液(终体积每个RNA样品30.33 μl):
(1)0.9 μl 1mol/l Tris·Cl缓冲液,pH8.3
(2)0.9 μl 0.5 mol/l MgCl2
(3)0.25 μl 1 mol/l DTT
(4)6.75 μl 1 mg/ml 放线菌素D
(5)1.33 μl 5 mmol/l 4dNTP混合液
(6)20 μl H2O
(7)0.2 μl 25 U/μl AMV反转录酶
9. 在含有RNA及寡核苷酸的微量离心管中,加入30 μl 上述延伸反应混合物,42℃温育1 h。
10. 在毎个微量离心管中加入105 μl RNA酶反应混合物,于37 ℃育15 min。
11. 加入15 μl 3 mol/l 乙酸钠和150 μl 酚/氯仿/异戊醇抽提,将上层水相移入一个干净管子中,再加入300 μl 乙醇沉淀DNA,沉淀物以100 μl 70%乙醇洗涤,用吸管吸去微量的乙醇残余,沉淀晾干5~10 min。
12. 用5 μl 终止/加样染料液重溶沉淀,65℃水浴加热5 min,在9%丙烯酰胺/7 mol/l 尿素凝胶中电泳至溴酚蓝到达凝胶的底部。
13. 干燥凝胶并用增感屏放射自显影。