变性聚丙烯酰胺凝胶电泳实验

1.  用浓氨水将合成的寡核苷睃从可控孔度玻璃拄上洗脱下来。于55℃加热5 h 以上。

2.  样品移至离心管中,在Speedvac真空旋转蒸发仪中冻干,沉淀用0.2 ml 的水重悬。

3.  装好灌胶装置,准备合适的凝胶溶液(表1)。对于10 cm×16 cm×1.6 mm 大小的凝胶,在一个真空过滤瓶中棍合下列成分:

(1)25.2 g  尿素(终浓度7 mol/l)

(2)6 ml 10×TBE  电泳缓冲液

(3)40%丙烯酰胺/2%亚甲双丙烯酰胺溶液(所需量)

(4)加水至60 ml

(5)脱气10 min,加入200 μl10%的过硫酸铵及30 μl 的TEMED。混合后灌胶,室温下让胶聚合30 min 以上。
 

表1、变性聚丙胺凝胶电泳能使相应片段达到最适分离度的丙烯酰胺浓度


4.  拔去梳子,将凝胶板固定在电泳槽上,用1×TBE下缓冲液注满上层及下层槽。

5.  加样前用2×甲酰胺加样缓冲液将样品作对倍稀释。

6.  每一个2cm×1.6 mm 孔中可以加入2 μmol 合成量的25%。

7.  得到一个清哳的结果约需10 μg(50 μl 重悬样品+50 μl 2×甲酰胺加样缓冲液=每孔100 μl)。
 
8.  临加样前用移液器上下吹打TBE缓冲液数次以彻底洗涤样品孔。

9.  加样,在约5 V/cm2电压降下电泳至溴酚蓝到达胶底部。
 
10.  将凝胶板从电泳槽中取出,水平放置,撬开上层板。

11.  用塑料膜覆盖凝胶,将板翻转,将凝胶的一角揭离玻璃板,放在塑料膜上,再用另一张塑料膜覆盖凝胶。

12.  将凝胶放在带荧光指示剂的薄层层析板上,用短波紫外灯跟踪观察条带,条带将在绿色背景下显示暗迹。
 
13.  一个干净的解剖刀将条带直接切下或用墨水标记后切出,剥去塑料膜,将胶条转移至离心管中。
 
14.  每2 cm 的胶条加0.5 ml 的0.3 mol/l 乙酸钠,室温下在旋转揺床上洗脱过夜。

15.  将溶液转移至一个干净的离心管中,不要带入丙烯酰胺碎片。

16.  用等体积的酚抽提1次,氯仿抽提1次,乙醇沉淀,干燥,样品用TE缓冲液或水重悬。
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