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DepMap: 1379种细胞系中各个基因的表达、突变、拷贝数、甲基化数据
要从某个细胞系中克隆A 基因，那么A基因在该细胞系中是否是野生型的？
获得一个新基因B，如何确定B基因在哪种肿瘤中最可能发挥作用？
正在研究的C基因，如何给已有的结果锦上添花，增加一些结果？
准备研究的化合物D，如何确定哪些细胞系对D有反应？
你可以试试这个数据库DepMap。
1.首先打开首页，直接输入我们感兴趣的基因，这里以TP53为例，在下图红色框内输入TP53。
2. 搜索TP53的结果如下，首页展示的是TP53的概览，你可以点击其中的链接直接跳转到对应的页面。
3. 我们首先选择“Pertubation Effects”，这个选项卡展示的是细胞系对于TP53的依赖性。
下图中箭头1所指的Gene effects意思是细胞系对于该基因的依赖性评分。0表示不依赖，负值越大表示越依赖，箭头2所指的表示所有基因依赖性评分的平均值。箭头3所指的点代表一个细胞系，鼠标放在每个点上会显示细胞系的信息。
4. 接下里我们看下第三个选项卡“Characterization”，这里展示的是TP53基因相关的表达、拷贝数、突变、甲基化等数据。
5. 下图展示的是部分表达数据
同时如果，选择4中图片中的“show lineage subtypes”，则会显示每种肿瘤的亚型细胞系，比如血液肿瘤的ALL、AML、CLL、CML等
6. 如果你觉得系统的作图非常不好看，你可以下载这1376（截止于2021.07.26）个细胞系的数据，自己进行统计分析绘图，下载的细胞系中包含了当前基因的表达值、细胞系名称、疾病名称、亚型等信息
7. 同样如果选择“mutation”，则可知道当前基因在所有细胞系中的突变具体信息
8. 第四个选项卡“Description”，主要是方便直接连接到外部数据库
9. 我们再来以细胞系名称搜一搜，小编比较熟悉HCT116，就以HCT116细胞演示一下，在搜索框里面直接输入“HCT116”。
10. 结果里面首先展示HCT116中利用Crispr和RNAi技术确认的必不可少的前10个基因，可以看出两个技术都确定了WRN是HCT116中必不可少的基因。
11. 再往下，展示了HCT116中的所有突变基因的信息
利用这个工具，我觉得您的文章还可以增加一些figure，赶快试试吧
https://depmap.org/portal/
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