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CIBERSORTx: 升级！免疫细胞浸润分析工具
CIBERSORT 由斯坦福大学研究团队开发，采用去卷积的算法，基于转录组数据，在混合的细胞中估算出免疫细胞的组成和丰度，目前已经引用近千次。第一版本的CIBERSORT于2015年发表在Nature Methods上，目前升级版本的CIBERSORTx于2019年发表在Nature Biotechnonogy上。
1. CIBERSORTx需要注册登录，免费状态下只支持教育邮箱的注册，注册后必须登录邮箱进行激活后才可登录系统。
2. 进行分析之前，先准备好一个表达矩阵，第一列为Gene Symbol，第一行为Sample ID，表达值不要经过Log转换，并且不能有空值，如下图：
3. 然后上传上面的表达文件，选择导航栏的“Menu”，然后选择“Upload Files”:
将之前我们准备好的表达矩阵上传，注意上传前选择文件类型：
4. 上传好了之后，我们返回首页，点击页面左下角的“ Run CIBERSORTx”：
5. 在新出来的页面中，因为我们是要计算细胞分数，所以按如下选择：
然后，再选择对应的文件：
页面中其他参数可以默认，也可以参考说明之后进行调整，最后提交系统进行分析。
6. 提交之后，页面跳转如下，分析需要一段时间。
7. 一段时间后，我们可以点击导航栏“Menu”下的“Job Results”，得到如下的结果：
8. 我们下载上图中所示的PDF，得到如下结果：
8. 上图不好看，我们用R语言进行重新绘制：
9. CIBERSORTx除了可以计算样本中细胞含量外，还可以计算每个基因在每种细胞中表达含量。我们在最开始选择的时候如下：
10. 然后进行上面一些列的操作之后，会得到如下的结果：
CIBERSORTx的地址为： https://cibersortx.stanford.edu/， 赶紧去试试吧
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