ATdb: 肿瘤自噬基因及临床信息数据库

小小米 2021-11-03 11:14:53 阅读: 2499

网址（http://www.bigzju.com/ATdb/#/Homepage），Human Autophagy Database数据库简称ATdb，整合来自TCGA、GEO数据库肿瘤转录组表达谱及临床表型信息，UniProt、HGNC、HPA和ENSEMBL等基因组及蛋白信息，以及Pubmed文献报道数据，囊括25种肿瘤和64种细胞系的自噬相关137个基因、658个miRNA、266个lncRNA、155个PTM和298个DNA甲基化信息，以及331个动物模型和70个临床试验信息，提供生存分析模块。基于上述信息，ATdb数据库提供数据查询、浏览、可视化和下载等功能。

Tutorial部分展示数据库使用指南。

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▌数据库核心功能及操作演示

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Genes模块

Genes模块提供自噬相关基因信息，包括基因基本信息、表达谱、亚细胞定位、临床相关性、翻译后修饰、非编码RNA调控、甲基化、可变剪切和动物模型等信息。

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Illustration部分展示自噬调控网络示意图，分别是经典自噬途径调控网络和线粒体自噬调控网络。

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在Search部分的检索框输入感兴趣基因，或Dropdown list部分的下拉菜单选择感兴趣基因，进行检索。

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以BCL2为例，结果General Information部分为BCL2基本信息，Summary提示BCL2基因编码线粒体外膜蛋白，BCL2易位至Ig重链位点被认为是滤泡性淋巴瘤原因，存在可变剪切产生多个转录本。

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Expression Profile部分展示BCL2基因在不同肿瘤及肿瘤细胞系中表达情况，可以选择不同数据库来源进行查看。

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Intracellular localization部分展示BCL2亚细胞定位情况，可链接至HPA数据库查看详细信息，BCL2蛋白定位于核膜及核质。

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Correction部分展示BCL2在不同肿瘤中与miRNA、lncRNA和转录因子之间相关性分析结果，肿瘤全选、相关性系数选择大于0.5，p值选择小于0.05，点击Submit得到结果。

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与BCL2显著相关的miRNA结果，热图显示8种肿瘤，其中Thyroid cancer中与BCL2相关的miRNA最多，表格显示89个miRNA，其中正相关系数最高为0.771，是甲状腺癌中has-mir-1179。可以将鼠标悬浮在热图中某个格子，点击后显示该miRNA与BCL2相关性散点图，以甲状腺癌中has-mir-1179为例。

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与BCL2显著相关的转录因子结果类似，总计1225个转录因子，鼠标悬浮在热图中某个格子，点击后显示该转录因子与BCL2相关性散点图，以其中正相关系数最高的胰腺癌中的转录因子IKZF1为例，查看相关性散点图。

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与BCL2显著相关的lncRNA结果类似，总计1010个转lncRNA，以其中正相关系数最高的胰腺癌中的RP11-284N8.3为例，查看相关性散点图。

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Posttranslational Modification部分为BCL2蛋白翻译后修饰信息，显示15条结果，提供蛋白修饰位点、细胞系、酶和参考文献信息。

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接下来ncRNA Regulation部分展示与BCL2存在调控关系的175个miRNA和82个lncRNA信息。

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Methylation部分展示20条BCL2甲基化修饰信息及参考文献。

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Alternative splicing部分，下拉菜单选择膀胱癌BLCA，展示BCL2在有4个不同转录本，箱图展示表达量情况。

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最后部分，是23个BCL2相关研究中动物模型信息。

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2

Tumors模块

Tumors模块提供肿瘤自噬基因与临床相关性信息，包括肿瘤基本信息、基因差异表达情况、生存分析和相关性分析结果。

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在Search部分的检索框输入感兴趣肿瘤，或Dropdown list部分的下拉菜单选择感兴趣肿瘤，进行检索。

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以Breast cancer为例，结果Brief Summary部分为乳腺癌基本介绍。

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Gene Expression部分展示按照Normal/Tumor、Stage和生存状况分组的表达差异基因，及对应的Fold change和P值，点击蓝色基因名显示箱图。

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Correlation部分设置感兴趣基因、相关系数和P值阈值，点击Submit，结果展示与该基因相关的miRNA、转录因子和lncRNA，功能与前述类似，详情不再赘述。

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KM-plot部分展示进行生存分析结果，右侧下拉菜单选择感兴趣基因，生存分析图可设置cutoff值，下图为Tutorial中相关功能说明。

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Clinical Trial部分展示乳腺癌的自噬相关临床试验信息，点击项目NCT_ID链接至https://clinicaltrials.gov/查看详细信息。

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Search功能

数据库主页检索框输入感兴趣基因或肿瘤，下拉菜单会智能关联，点击目标基因或肿瘤即可查看详细结果。

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Download

Download模块提供ATdb数据库中部分数据下载链接，感兴趣小伙伴可以自行探索。

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▌文献案例

目前引用ATdb数据库文献仅1篇，探索自噬相关研究进展，感兴趣小伙伴可以学习。

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以上就是ATdb数据库的全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下文献哦~！

Chen K, Yang D, Zhao F, Wang S, Ye Y, Sun W, Lu H, Ruan Z, Xu J, Wang T, Lu G, Wang L, Shi Y, Zhang H, Wu H, Lu W, Shen HM, Xia D, Wu Y. Autophagy and Tumor Database: ATdb, a novel database connecting autophagy and tumor. Database (Oxford). 2020 Jan 1;2020:baaa052. doi: 10.1093/database/baaa052. PMID: 32681639; PMCID: PMC7340339.

文章来源：挑圈联盟

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