如何查询某一通路中的所有基因？我有9种方法

小小米 2021-08-09 11:10:31 阅读: 31214

做分子通路研究时，常常需要弄清楚某个信号通路中的所有基因有哪些，从而计算评价该信号通路的激活或者抑制。今天给大家介绍查询信号通路的9个数据库，并详细介绍其中的两个。

1. GSEA

GSEA数据库地址：http://www.gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp，主要用于做基因富集分析，GSEA分析相比KEGG/GO分析来说相对准确些，GSEA采用了所有基因的表达数据进行分析，从而避免了KEGG/GO分析中人为设定一个阈值进行筛选带来的误差。GSEA的完整教程可以登录科研狗网站查看。今天在这只介绍如何查找某一个通路的所有基因

a. 首先打开网页如下，点击菜单栏的Downloads链接：

b. 第一次打开需要输入邮箱，然后跳转到如下页面：

c. 然后再这页面中间找到对应的通路，比如我们想看KEGG通路，点击下载文件（如果你想看其他通路，下载其他通路即可）

d. 下载的文件是gmt格式的，我们在文件上邮件，选择用记事本或者其他文本工具打开（小编这使用notpad打开）

可以看出上图中通路名称以及对应的基因名称

 2. GeneCards

a. 我们打开GeneCards网站www.genecards.org，然后选择PathCards。这里以寻找细胞周期相关的基因为例，我们输入Cell Cycle

b. 在搜索的结果中选择“cell cycle”

c. 在页面中可以找到Cell clycle通路中所有的基因，每个基因都可以链接到详细信息

页面中还展示了这些基因的相互作用：

3. Biocarta

https://maayanlab.cloud/Harmonizome/dataset/Biocarta+Pathways

4. Reactome

https://reactome.org/

 

5. Pathwaycommons

https://www.pathwaycommons.org/

 6. NetPath

http://netpath.org/index.html

7. Panther

http://www.pantherdb.org/

8. SMPDB

https://smpdb.ca/

9. KEGG

https://www.kegg.jp/kegg/pathway.html

 当然，如果您只想直观地查看某个通路中的基因以及调控，CST出品的信号通路图肯定是最佳选择~

相关资料可以登录科研狗网站http://www.keyangou.com查看下载

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